Cerca del final de 2005 ayudó a Guerrero Atlantis durante un partido y por lo tanto se volvió Atlantis Rudo y le hizo una parte de Los Guerreros, cambiando su nombre a Los Guerreros del Atlantida (los Guerreros de la Atlántida). En mayo de 2006, Guerrero ganó CMLL anual de "Grand Prix" del torneo que contó con luchador de México, Japón y los Estados Unidos. Al final del mes, Los Guerreros Rey Bucanero, con Guerrero y Chico Tarzán rompiendo medias de Bucanero, lo que significa que ya no era un miembro del grupo. El 14 de julio 2006 Rey Bucanero derrotaron a Guerrero por el campeonato mundial de peso pesado ligero CMLL, terminando el reinado después de 3 años y medio.
El 29 de junio anual de 2007 del CMLL Torneo Gran Alternativa tuvo lugar en la Arena México. Guerrero se unió a Euforia, pero el equipo fue derrotado por Místico y su compañero de La Sombra. Después de la pérdida de Guerrero pidió públicamente el Dr. Wagner Jr. a unirse a él para desafiar Místico y Negro Casas para el CMLL Tag Team Championship. El partido se celebró el 13 de julio de 2007 en la Arena México y vio a Guerrero y Wagner ganar los títulos. Una semana después, Guerrero y Wagner perdió los títulos de nuevo a Místico y Casas, por lo que el equipo de la más corta actual campeón por equipos nunca.
La pérdida provocó la lucha contra dos de las acusaciones mutuas de traición, que a su vez llevó a una disputa entre los dos luchadores. El 27 de julio en la Arena México, Dr. Wagner Jr. y Místico ha mantenido un mano a mano partido que se decidió por una intervención traicionera por Guerrero, quien subió al ring, atacó a Wagner por detrás y le hizo perder el partido, tn después, Guerrero arrancó la máscara de Wagner. El 3 de agosto de 2007, Guerrero se unió a Atlantis y Sangre Azteca en contra del Dr. Wagner Jr., Alex Koslov y Volador Jr.
en la Arena México tras el partido Guerrero tomó el micrófono y retó a Wagner por una máscara contra máscara de partido, pero no siempre coinciden vino de la misma como el Dr. Wagner Jr. CMLL dejó poco después. En 2008, Último Guerrero se unió con el recién llegado Dragón Rojo Jr. para ganar el torneo Gran Alternativa 2008
